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关于成立本体联合工作组的倡议书
作者:人口健康平台时间:2017-09-05

关于成立本体联合工作组的倡议书

本体论是概念化的事物本质的详细说明,一个本体的核心作用就在于用人和计算机都可以理解的语言定义某一领域或领域内的专业词汇以及他们之间的各种关系。这一系列的基本概念如同建设一座大厦的基石,为交流各方提供了一个对此领域事物本质的统一认识。在这一系列概念的支持下,知识的搜索、积累和共享的效率将大大提高,进而实现真正意义上的知识重用和共享。在过去十余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用。通过本体中的标准化术语,不同数据集中的元数据可以进行术语的统一,进而消除异质性,实现数据的整合,以及利用本体词汇对原数据的注释。本体作为生物医学数据标准化的一种重要手段,在数据整合与复用的过程中起着日益重要的作用。在最近提出的精准医学的理念中,本体更是发挥着不可替代的作用。

目前国外本体研究与应用发展很快。比如,The Open Biological/Biomedical Ontologies (OBO) 开放性生物信息本体体系,目前已有160多个本体,包括著名的Gene Ontology (GO) 基因本体,几乎所有跟基因蛋白有关系的大数据应用都用到它。OBO开放性创新本体研究组织更加倾向知识共享模式,共同合作以期在最先进的基础上释放价值,避免做“无用功”。

随着我国健康医疗大数据的兴起,国内的本体研究也在提速。为了加速国内生物医学信息本体研究,通过提高本体共享和应用促进产业健康发展。国家人口与健康科学数据共享服务平台拟成立生物医学信息本体联合工作组。

在此,我们倡议各位有志于促进中国生物医学信息本体建设与发展的专家学者共同参加国家人口与健康科学数据共享服务平台生物医学信息本体联合工作组(以下简称本体联合工作组)。本体联合工作组总体目标是建立一个共享共建的生物医学信息本体平台以促进本体健康有序建设、研究。并推广本体在生物医学领域的开发应用,支撑大数据、人工智能等技术在生物医疗健康领域落地。我们将开设本体研究相关专题,组织各种有关的活动与培训;开放本体的发布平台与各种本体开发与应用工具;在了解各方需求的基础上,完成顶层设计,总结工作重点,以点概面逐步扩展;我们会逐步建设生物医学“元素周期表”,在本体建设过程不断实践反馈,从应用者变为参与者,争取国际本体建设的话语权。

加入和联系方式

联 系 人:潘虹洁    滕飞

联系电话:010-69156963  010-65250541

联系邮箱:p0928201@126.com rkjkpt@126.com

 

 

国家人口与健康科学数据共享服务平台

                                      2017年9月5日






运作基本方式:

松散联盟形式,建立顾问组,邀请国内外本体研究专家担任顾问组成员。每年选举一次组长单位,组长单位必须是加入一年以上单位,首届组长单位除外。建立工作组工作章程,作为工作原则,参考OBO Foundry工作原则,制定自己原则。

  1. 开放(Open: 本体必须公开开放供所有人使用。

  2. 常见的格式(Common Format: 本体必须用常见的语法和公共形式语言来进行表述。 

  3. URI/Identifier Space: 本体中的每个类和属性必须具有唯一的资源标识符(URI)

  4. 版本(Versioning本体提供者有程序识别不同的有连续性的版本号。

  5. 范围(Scope本体具有明确的范围和符合该范围的内容。

  6. 文本定义(Textual Definitions: 对本体有代表性的的词条要有文本及逻辑形式定义。

  7. 关系(Relations:本体应使用根据特定共享的关系属性明确定义本体词条之间的关系。

  8. 文档(Documentation本体论的所有者应努力提供尽可能多的文档。

  9. 有记录的多用户使用(Documented Plurality of Users: 本体应该有多个独立的人或组织使用。

  10. 合作的承诺(Commitment To Collaboration: 本体的开发应以协作的方式进行。

  11. 权威的归属(Locus of Authority: 应有一个人负责本体与外界的沟通

  12. 命名约定(Naming Conventions: 本体的开发要有一些命名的规则与约定

  13. 维护(Maintenance:本体需要反映科学共识的变化,以保持准确性不受时间影响。