生物医学本体基础培训会议通知

本体是在一个具体的学科领域中,由该学科的专业术语与术语间的关系构成的一个复杂知识网络。在过去十余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。通过本体中的标准化术语,不同数据集中的元数据可以进行术语的统一,进而消除异质性,实现数据的整合,以及利用本体词汇对原数据的注释。本体作为生物医学数据标准化的一种重要手段,在数据整合与复用的过程中起着日益重要的作用。在最近提出的精准医学的理念中,本体更是发挥着不可替代的作用。

本次由国家人口与健康科学数据共享服务平台举办的生物医学本体基础培训,从本体最基本的概念出发,旨在提高科研工作者对于本体的认识和理解,促进更好的合作交流。

一、培训目标

通过对本体基本概念的阐述及对本体最常用软件工具使用方法的讲解,使学习者能准确掌握本体概念,并且会进行简单地本体开发。

二、主讲教授

何勇群(Oliver He),博士,美国密西根大学医学院副教授,计算医学与生物信息学中心本体与语义网联合课题组负责人,主要研究领域包括:生物医学本体及本体软件的开发与应用,文献挖掘,贝叶斯网络建模与分析,微生物基因组学,和疫苗信息学。何博士是国际生物医学本体组织OBO FOUNDRY的核心人员,他建立了一系列生物医学本体并开发本体应用工具,具有广泛的用户。

三、培训对象(本次仅限北京地区学员报名)

生物医学、基础医学、临床医学、医学信息学等领域的专业人员及研究人员

四、课程内容

上午A

 

本体简介 
第一讲:本体的定义,起源,分类,与发展
第二讲:本体开发,应用,与本体研究相关最新进展

 

下午A

 

Open Biological/Biomedical Ontologies (OBO)及其本体整合
第三讲:OBO Foundry起源,目的,与OBO Foundry Principles
第四讲:OBO著名本体介绍:Gene Ontology (GO), Basic Formal Ontology (BFO)Relation Ontology (RO), Ontology for Biomedical Investigations (OBI), Disease Ontology (DOID), Human Phenotype Ontology (HP), 等等。

 

上午B

 

本体开发与案例
第五讲:本体开发方法及常用软件。主讲Ontoanimal 软件(Ontofox/Ontodog for ontology reuse, Ontorat for large size term addition and editing, and Ontobee for visualization), 及其它相关软件。
第六讲:本体开发案例。包括:Vaccine Ontology Ontology of Adverse Events (OAE), Ontology of Vaccine Adverse Events (OVAE), and Ontology of Chinese Medicine for Rheumatism (OCMR).

 

下午B

 

本体应用与案例,及本体研究问题探讨
第七讲:本体应用领域及案例。如基于本体的文献检索,知识库建立,元数据表达,大数据分析,等等。
第八讲:本体研究实践中的遇到的问题及解决方案的探讨。

 

五、培训特点

★ 采用小而精的小班模式,严格控制学员人数,保证学习资源分配和学员的学习效果。

★ 根据学员研究领域选择课程讲解分析的案例,分门别类、因材施教,保证学以致用。

★ 课上现场答疑和指导。

★ 主动向学员征集案例,使我们的课程内容更加贴近科研需求。

★ 课后在设计实践中有任何困难,我们的设计师会及时给与帮助。

★ 建立学员群,为参训学员提供长期的讨论交流平台,互帮互助,共同进步。

★ 参加全部培训学习的学员,将获得国家人口与健康科学数据共享服务平台颁发的培训证书。

六、报名须知

主办单位:国家人口与健康科学数据共享服务平台

协办单位:中国医学科学院基础医学研究所、中国中医科学院中医药信息研究所

培训地点:北京东城区东直门内南小街16号 中国中医科学院图书馆二楼会议室  

培训时间:726-27

培训教室提供WiFi,学员需自带电脑。

七、培训费用

培训费用:1600元,学生优惠(培训费用包含讲义费、午餐费,晚餐住宿自理,学生凭学生证可享受1000优惠价)

报名方式:

请登录会议网站http://1102.hshuiyi.com/conf/index/info/1102,或扫描下方二维码,在线填写注册并进行网上交费。报名截止日期:720日。

八、联系方式

联系人:李文杰 李雪莲

联系电话:010-58650234 010-58650034  报名邮箱:wfcms@vip.163.com

联系人:杨啸林

联系电话:010-69156438 

联系人:孟祥燕

联系电话:010-65250541

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